Para o diagnóstico definitivo de muitas patologias é essencial a avaliação de tecidos ou líquidos orgânicos, ou seja, a observação ao microscópio de cortes de tecidos retirados de órgãos suspeitos de estarem afetados por alguma patologia.
Assim se pode distinguir um nódulo de um tumor maligno, por exemplo, ou um líquido inflamatório de outro tipo de líquido, com presença de bactérias ou mesmo células tumorais.