A endoscopia é exame de diagnóstico muito útil para observar o trato gastrointestinal e o trato respiratório, permitindo realizar biopsias, se necessário. É também, muitas vezes, utilizado para determinados procedimentos como a remoção de corpos estranhos, evitando-se assim a intervenção cirúrgica.
Permite então a observação das paredes de determinados órgãos como o estômago e intestinos, e a investigação de problemas respiratórios, quer das vias aéreas superiores (nariz, faringe e traqueia), quer das vias aéreas inferiores (brônquios e pulmões) -rinoscopias e broncoscopias, respetivamente.
A colonoscopia é um exame endoscópico que permite a observação do intestino grosso e porção distal do íleo.